Учредителями Международного университета Кыргызстана являются Правительство Кыргызской Республики, Министерство образования и науки Кыргызской Республики, Министерство иностранных дел Кыргызской Республики, Национальная академия наук Кыргызской Республики и Государственный университет Сан-Франциско (США). Университет создан Указом Президента Кыргызской Республики № УП-74 от 11 марта 1993 года, Постановлением Правительства Кыргызской Республики № 113 от 16 марта 1993 г. и является государственным университетом со статусом международного высшего учебного заведения.

Указом Президента Кыргызской Республики от 30 декабря 1998 года и Постановлением Правительства Кыргызской Республики от 8 февраля 1999 года № 74 Международному университету Кыргызстана предоставлен статус автономного самоуправляемого университета, который необходим для вхождения в мировое образовательное пространство.

В университете создана организационная структура, в основу которой положена евро-американская структура университетов.

Как международный вуз, он стремится к международному сотрудничеству университетов, развивает тенденцию глобализации образования, расширяет сотрудничество с университетами и организациями разных стран.