Организация научно-исследовательской и научно-педагогической деятельности в университете осуществляется посредством разработки и реализации научно-исследовательских, аналитических, образовательных, проектно-конструкторских, технических и других видов работ.
Учеными университета во главе с академиком А.А. Айдаралиевым дан комплексный, системный анализ социально-экономической, экологической ситуации в Кыргызстане как обоснование обмена внешнего долга горных государств на устойчивое развитие.

I. СТРУКТУРА НАУЧНО - ИННОВАЦИОННОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ

Научно-инновационная деятельность (НИД) является важнейшей составляющей подготовки специалистов и направлена на совершенствование и развитие образовательной и научной сфер.

В структуру научно- инновационной деятельности университета входят:
• Ученый совет;
• Аспирантура, докторантура;
• Редакционно-издательский отдел;
• Научно-исследовательские и учебно-научные подразделения;
• СМУС.

Основным звеном организации и проведения научных исследований в университете являются кафедры, при которых функционируют научно-исследовательские, учебно-научные лаборатории, центры, создаются временные творческие коллективы.
Общее руководство научно-инновационной деятельностью осуществляет вице-президент по научной работе, а руководящим органом являются Ученый совет (УС) и Совет молодых ученых и студентов (СМУС), которые определяют научно-техническую политику, а также развитие научно-инновационной деятельности молодых ученых и студентов.
Курирование научно-инновационной деятельности на факультетах ведут деканы и заведующие кафедрами по научной работе.

Для наиболее эффективной реализации научного потенциала Высших школ практикуются:
1. Стажировки аспирантов и ученых университета в государствах Западной Европы и Америки для внедрения передовых технологий в научные исследования. Аспиранты направляются в Англию, Германию, Турцию на специализированные языковые курсы.
2. Участие в семинарах, конференциях, "круглых столах", организуемых зарубежными организациями.
3. Консультации ведущих ученых с целью изучения методологий, мировоззренческих позиций, научных подходов для чтения лекций и для осуществления научного руководства.
4. Участие в программах обмена аспирантами, стажерами, учеными в рамках межгосударственных соглашений с Турцией, Китаем, Германией, Индией, Израилем, Малайзией, со странами СНГ.
5. Научное сотрудничество с университетами, занимающимися сходными проблемами, интервьюирование ведущих специалистов в интересующих нас сферах науки.
6. Персональные научные контакты с коллегами за рубежом.
7. Расширение номенклатуры специальностей научных работников.

Научные исследования ведутся в следующих областях:
Экономическая теория, Мировое хозяйство и международные экономические отношения, Германские языки, Сравнительно-историческое, типологическое и сопоставительное языкознание, Конституционное право, Государственное управление, Административное право, Международное право, Политические институты и процессы, Этнология, Экология, Проблемы внешнего долга Кыргызстана, Устойчивое горное развитие и др.

II. КОЛИЧЕСТВЕННАЯ И КАЧЕСТВЕННАЯ СОСТАВЛЯЮЩАЯ НАУЧНЫХ КАДРОВ МУК

Авторитет и известность вузу обеспечивают его ученые, научные школы и результаты научно-инновационной деятельности.
Ученые университета награждены Правительственными наградами Кыргызской Республики и Российской Федерации: «Манас», «Данк», стали Отличниками народного образования КР, Заслуженными деятелями науки и техники, Лауреатами Государственных премий.
Научные школы УНПК «Международный университет Кыргызстана» являются ведущими в Кыргызской Республике, многие из них получили международное признание, в том числе школа академика А.А. Айдаралиева - известного ученого в области космической авиационной медицины, высокогорной физиологии, физиологии деятельности человека, устойчивого развития.
Научные школы стали ведущими в Кыргызской Республике, многие из них получили международное признание, стали основой подготовки специалистов по различным уровням: магистратура, аспирантура, докторантура.
Научные исследования выполняются по следующим направлениям:
Информационные технологии;
История;
Педагогика;
Политология;
Социология;
Филология;
Философия;
Экономика;
Юридические науки;
Медицинские науки;
Биологические науки.

III. ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ
УНПК МУК создает научные центры и институты с целью выполнения исследовательских программ, а также условия для научной деятельности преподавателей и студентов.

НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ИНСТИТУТ ЭКОЛОГИИ ЧЕЛОВЕКА
Директор -Айдаралиев Асылбек Акматбекович, академик НАН КР , д.м.н.

Основная цель института - изучение проблем проживания и адаптации человека в горных условиях.
Разработка методов оценки и прогнозирования функционального состояния человека в горах, выработка методов компенсации и реабилитации с целью охраны здоровья жителей высокогорья.

МЕЖДУНАРОДНЫЙ ИНСТИТУТ ГОР (МИГ)
Директор - Махновский Валентин Пантелеймонович, д.м.н.

Главной целью работы МИГ является формирование научно-информационного банка данных, полученных на основе изучения экономических, экологических, социальных и культурных аспектов жизнедеятельности человека в горах для претворения в жизнь программы планомерного, устойчивого развития горных территорий Кыргызстана и Центральной Азии.
Миссией Института является разработка международных концепций, программ, проектов и определение путей решения проблем экономического, экологического, социального и культурного развития горных территорий Центральной Азии; организация Центрально - азиатской горной сети; проведение информационно-аналитической работы в плане управления горными природными ресурсами; развитие горных сельскохозяйственных систем и создание инфраструктуры, а также активация работ в рамках Международного горного форума.

ИНСТИТУТ ЭТНОЛОГИИ
Директор - Акеров Табылды Абдраманович

В 2007г. Международный университет Кыргызстана заключил договор с Генеалогическим обществом штата Юта/США о проведении исследований в области изучения истории этносов, этнографии, а также семейной истории. Институт этнологии координирует работу по реализации совместного проекта по изучению происхождения кыргызского народа.
Организация молекулярной генеалогии «Соренсон» (США) с 2000 года занимается созданием самой обширной в мире базы данных, соединяющей информацию, содержащуюся в ДНК. Группа сотрудников УНПК МУК под руководством академика Айдаралиева А.А. совместно с ОМГС провела ряд исследований по генеалогии некоторых этносов, проживающих на территории Кыргызской Республики.

НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ИНСТИТУТ ПРОБЛЕМ ВНЕШНЕГО ДОЛГА
Директор - Асаналиев Тилек Асаналиевич, к.ю.н.

Миссия: оказание поддержки правительству Кыргызской Республики в его намерении использовать механизм обмена внешнего долга (ОВД) для финансирования инициатив устойчивого развития.
Цель: преодоление политических и институциональных барьеров реализации ОВД, проведение разъяснительной работы на уровне донорских организаций, стран-кредиторов. Разработка социальных проектов и программ по преодолению бедности, развитию экономики и охрана окружающей среды.

АСПИРАНТУРА И ДОКТОРАНТУРА МУК
Заведующая аспирантурой и докторантурой - Айтматова Тамара Соронкуловна

Аспирантура и докторантура Международного университета Кыргызстана открыта в 1995 году на основе самоокупаемости (Письмо Министерства образования и науки КР № 02-10/1655 от 08.12.1995г.), что позволяет поддерживать высокий уровень учебного процесса: приглашать высококвалифицированных преподавателей, научных руководителей, закупать лучшее оборудование для аудиторий, предназначенных для аспирантов и соискателей.
Система послевузовского профессионального образования - это возможность повышения уровня научной и научно-педагогической квалификации в рамках:
1. Широкого сотрудничества с зарубежными университетами.
2. Развития академических и исследовательских программ для получения Phd степени доктора философии в различных областях знания.
3. Индивидуальных программ - как платформы для карьерного роста в различных отраслях бизнеса, общественной и политической жизни.

Приоритетные направления научной деятельности внутри Высших Школ, Международного Университета Кыргызстана

Высшая школа социально-гуманитарных и естественно-научных дисциплин:
С 2007 года научно-исследовательская работа кафедры социально-гуманитарных наук проводится по направлениям и темам:
 «Философская и социально-гуманитарная компаративистика»,
 «Кыргызская философия, история и культура».
Актуальность данных тем исследований связана с необходимостью изучения новейшего уровня развития философии и социально-гуманитарных наук, связанного со сравнительными исследованиями восточной и западной культур в эпоху глобализации, и с малоизученностью проблем развития национальной философии и культуры.
Стратегическая задача научно-исследовательской работы кафедры - выход на качественно новый уровень научной деятельности, основанной на плодотворном сотрудничестве с вузами, научными центрами, эффективная интеграция научно-исследовательской работы и учебного процесса, активизация научного творчества студентов; изучение проблем развития Кыргызской философии, истории и культуры в компаративистской перспективе.
Работа кафедры русского и кыргызского языка направлены на изучение государственного языка, которые включаю в себя серию мероприятий таких встречи с писателями, поэтами и языковедами, конференции, беседы.

Высшая школа права, бизнеса и компьютерных технологий
О научно-исследовательской работе:
кафедры физико-математических дисциплин, 2008 год:
 Интерактивное компьютерное представление объектов из различных областей знаний;
 Интерактивное компьютерное представление топологических объектов;
 Независимое компьютерное представление кыргызского языка.
Кафедры «Международные отношения»:
 Трансформационные и интеграционные процессы в ЦАР.
Кафедра мировой экономики и теории финансов:
 Содействие обеспечению устойчивого экономического роста регионов КР путем привлечения нового поколения молодых граждан КР выпускников вузов на государственную службу;
 Рынок образовательных услуг и рынок труда.
Кафедра компьютерно-информационных систем и управления:
 Разработка адаптивных систем управления для объектов с запаздыванием;
 Использование технологий нейронных сетей для создания адаптивных тестирующих систем;
 Использование технологий нейронных сетей для синтеза адаптивных систем управления.
Кафедры международного права:
 КР в системе международного права.

IV. НАУЧНО-ИННОВАЦИОННОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ И СТУДЕНТОВ

Научно-инновационная деятельность молодых ученых и студентов (НИДС) является составной частью процесса подготовки специалистов. НИДС в университете включает: научные исследования встроенные, дополняющие и параллельные учебному процессу. НИДС ведется согласно Положению о Совете молодых ученых и студентов (СМУС).
Общее научное руководство НИДС осуществляется вице-президентом по научной работе, координирует деятельность ректор и СМУС университета. На факультетах и кафедрах эту работу выполняют деканы, заведующие кафедрами и председатель СМУС университета, привлекая профессорско-преподавательский состав, аспирантов и студентов для выполнения конкретных научных работ.
Для координации НИДС разработаны и утверждены внутренние нормативные положения, определяющие цели, задачи, права и рычаги стимулирования этой деятельности.
Молодые ученые УНПК МУК активно взаимодействуют с молодыми учеными страны и участвуют в общественной деятельности государства, на данном этапе подготовка к I Форуму молодых ученых КР.

Подведение итогов научной деятельности студентов ежегодно проходит весной и является эффективной формой развития научно-инновационной деятельности студентов, в рамках которой проводятся конференции, олимпиады, конкурсы и выставки технического творчества.
Студенты ежегодно участвуют в международных мероприятиях:
Успешное участие делегации студентов МУК на XXI Международный межвузовский студенческий фестиваль «Весна УПИ-2009» со 2 по 10 мая 2009 года, г.Екатеринбург, УГТУ
1) НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ «ИННОВАЦИОННЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ В ВУЗЕ: РОЛЬ СТУДЕНЧЕСТВА»:
 Блестящее выступление Адылбек кызы Мээрим в секции «Болонский процесс. Деятельность студенческих организацийв реализации положений Болонского процесса; Студенческая мобильность как фактор повышения качества образования»;
 Успешная защита тезисов Мухамед уулу Бактыяра и Абдулазиз уулу Алымбека в секции «Пути повышения мотивации студентов к получению качественного образования, повышение роли самомтоятельной работы студентов. Партнерство студентов и работодателей»;
Дискуссия о коммерциализации научного знания была развернута Токтосуновой Э.С. в секции «Участие студентов в научно-исследовательской работе как инструмент формирования профессиональных и социальных компетенций».
2) Конкурс «Студенческий подиум «Новый взгляд»
Приз лауреата I степени в номинации «Креатив» получил Театр моды МУК «Традиция и современность»,
3) Фестиваль команд КВН
Команда МУК получила II-е место на фестивале КВН в командном выступлении со студентами КГУСТА

Интеллектуальный клуб студентов МУК
Интеллектуальный клуб создан на базе кафедры социально-гуманитарных наук. Руководитель клуба - профессор Алиева Ч.Э.
Цель деятельности клуба: эффективная учебно и научно-исследовательская работа студентов, реализация интеллектуально-творческого потенциала молодых людей.
Специальные проекты клуба:
1. Ежегодные межвузовские интеллектуальные игры студентов - «Интеллектуалы 21 века»
2. Ежегодные межвузовские круглые столы на тему: «История, философия и культура народов Центральной Азии».
3. Ежегодные международные философские вечера поэзии «Гармония души» с презентацией авторских стихов студентов и интерактивные занятия по философии и социально-гуманитарным дисциплинам.
4. Ежегодные международные фестивали искусств «Азиавидение»: песни и танцы народов мира.
5. Межвузовский фестиваль «Алые паруса»: студенческое театральное и музыкально-поэтическое творчество (15 февраля, 2010).
Инициативная исследовательская студенческая группа Student Corporation МУК
Студенческая инициативная группа Student Corporation образовалась весной 2009 г. после формирования команды, занимающейся проектом по повышению качества высшего образования. Именно этот проект под руководством EdNet, EFCA и OSCE в Бишкеке стал точкой отсчета создания и дальнейшего развития организации. Координатор деятельности организации - председатель СМУ УНПК «МУК» Э.С. Токтосунова. Капитан команды избирается сроком на 2 года среди студентов.
Основная миссия Student Corporation - это развитие всестороннего студенческого самоуправления в вузе и за его пределами.
Команда состоит из группы студентов-аналитиков, которые прошли специальную подготовку, а также имеют знания и навыки в проведении исследований.
Специальный проект: Программа реализуется совместно с EdNet, EFCA, OSСE по повышению потенциала студенческого самоуправления в нашем ВУЗе Творческие проекты команды Student Corporation: 1. Публикация и презентация сборника «Творческая учеба: ИНТЕРАКТИВНЫЕ ЗАНЯТИЯ И ПОЭТИЧЕСКИЕ ВЕЧЕРА» по материалам Философского вечера поэзии «Гармония души»: Театр свободных искусств, посвященный Году Молодежи и Дню Учителя; 2. Молодежные поэтические бои «ПРАВДА ЖИЗНИ» ; 3. Мини-спектакли «Лучшее признание в любви», по шедеврам мировой культуры в рамках межвузовского фестиваля «Алые паруса-2010»; 4. Artфестиваль «Весна, ты всегда прекрасна! » .

V. МЕЖДУНАРОДНОЕ СОТРУДНИЧЕСТВО
МУК - член Всемирной Ассоциации Университетов и Колледжей (WAUC) и в настоящее время диплом МУК признаётся университетами - членами WAUC, расположенными в США, Японии, Швейцарии, Франции, Австрии, Бельгии, Индии, Саудовской Аравии. МУК - член Европейской Ассоциации университетов (EUA), Федерации университетов исламского мира (FUIW), Международной ассоциации университетов и факультетов международных отношений, Глобального Альянса транснационального образования (GATE), Европейской Ассоциации международного образования (EAIE).
В сентябре 2002 года МУК первым из университетов в Центрально-азиатском регионе подписал Всемирную университетскую хартию, что означает присоединение МУК к Болонской декларации, которая устанавливает единые общеевропейские стандарты к организации и уровню высшего образования с признанием эквивалентности документов о высшем образовании в соответствии с фундаментальными принципами академической свободы и демократии, заложенными в Сорбонской Декларации.
Международный Университет Кыргызстана является головной организацией в создании Виртуальной академии Европы и Центральной Азии и является активным соисполнителем образовательных проектов Всемирного Банка. В МУК организован и действует опорный пункт Института ЮНЕСКО по информационным технологиям в образовании.
Совместно с ЮНЕСКО и Всемирным Банком МУК осуществляет Национальный пилотный проект по развитию дистанционного образования в регионах Кыргызской Республики.
Совместно с Современным гуманитарным университетом (г. Москва), МУК создал Кыргызско-Российский институт дистанционного образования (КРИДО), выпускники которого будут получать дипломы о высшем образовании Кыргызской Республики и Российской Федерации. Проводится трансляция лекций и учебных материалов on-line через спутниковую систему и Интернет.
Совместно с Открытым национальным университетом им. И. Ганди (Индия) создан Кыргызско-Индийский институт дистанционного образования КИИДО), выпускники которого будут получать дипломы о высшем образовании Кыргызской Республики и Индии. Обучение на английском языке.
В Международном университете Кыргызстана также созданы:
1. Европейский ресурсный центр (совместно с европейскими университетами - партнерами МУК) на базе которого создан Институт международного бизнеса, обучение ведется на английском языке. Сотрудники прошли длительные стажировки в Западной Европе. Ими разработаны спецкурсы на английском языке (международное право, право европейского союза, международный маркетинг, управление маркетингом, бизнес-общение, международные финансы, государственные финансы, банковское дело, международные экономические отношения и т.д.). Учитывая возможность получения диплома, признаваемого в ряде государств мира, выразили желание обучаться в МУК студенты из Франции, Голландии, Финляндии, Пакистана, Индии и ряда других стран.
2. Американский ресурсный центр по высшему образованию (совместно с университетом Мичиган (University of Michigan), при поддержке госдепартамента США), в задачу которого входит подготовка администраторов и исследователей для вузов Кыргызстана и Средней Азии.
3. Образовательный Информационно-ресурсный центр по менеджменту высшего образования (совместно с университетом Берн (Швейцария).
Решая проблему подготовки высококвалифицированных специалистов в области сетевых компьютерных технологий Международный университет Кыргызстана совместно с Международным телекоммуникационным союзом (ITU) и компанией Cisco Systems, Inc (мировой лидер в разработке сетевых технологий, производстве телекоммуникационного оборудования и программного обеспечения) в 2003 году открыли Региональную сетевую академию CISCO при МУКе.
В 2003 году одобрено создание кафедры ЮНЕСКО «Устойчивое горное развитие» при МУК, получены документы поддержки из зарубежных вузов (Нидерланды, Швеция, Россия).